Sinaunang Japan, mayroong mga espesyal na templo kung saan inihanda nila ang mga gera tulad ng ninja. Ikaw sa laro Ninja Tumatakbo 3d pumunta sa isa sa mga ito at matulungan ang isang ninja na dumaan sa iba't ibang uri ng pagsasanay. Ngayon, ang iyong bayani ay kailangang tumakbo kasama ang isang espesyal na itinayo na kurso ng balakid kasama ang iba pang mga ninjas at darating muna sa linya ng pagtatapos. Pamahalaan mo ang kanyang mga aksyon. Kailangan mong tumalon sa maraming mga hadlang, umakyat sa iba't ibang mga hadlang at magsagawa ng maraming higit pang mga aksyon na makakatulong sa iyong ninja na manalo sa kumpetisyon.
