Sa bagong laro ng Mr Ninja Fighter, pupunta ka sa sinaunang Japan at makakatulong sa matapang na labanan ng digmaang ninja laban sa mga gang ng mga tulisan. Ang iyong karakter ay kailangang pumunta sa mga liblib na lalawigan ng bansa at sirain ang lahat ng mga gang ng mga kriminal doon. Bago ka sa screen ang iyong character na armado ng isang tabak ay makikita. Tatakbo siya pasulong sa landas. Sa kanyang paraan ay mahulog ang iba't ibang mga dips sa lupa at mga bitag. Kailangan mong gamitin ang iyong mga control key upang gawin ang lahat ng iyong character jump sa lahat. Kapag nakikipagpulong sa kaaway, hampasin siya ng iyong tabak at sirain ang kaaway.
