Ang isang dayuhan na nagngangalang Zim at ang kanyang robot na si Gere ay nanirahan sa gitna ng mga tao ng ilang oras, ang paunang plano upang makuha ang planeta ay nabigo at ang mga dayuhan ay kailangang umangkop sa buhay sa lupa. Sinimulan ni Zim na pumasok sa paaralan, ngunit pinabayaan ang kanyang mga predatory plan. Si Gere, tulad ng lahat ng mga robot, ay dapat sumunod sa may-ari, ngunit hindi siya palaging nagtagumpay, sapagkat sa kanyang ulo ay mayroon siyang isang bungkos ng basura sa halip na talino. Sa bisperas ng Halloween, ang bayani ay may isa pang plano at para dito nagpunta siya sa silid ng atraksyon. Tulungan siyang makumpleto ang maraming mga misyon, bilang isang resulta kung saan siya ay hindi pa rin magtagumpay, ngunit ang proseso sa Invader Zim DOOM ay mahalaga para sa iyo.
