Ang Ben 10 ay hindi estranghero sa pagdating ng isa pang pangkat ng mga dayuhan na nais na paninirang-puri ang mga earthlings. Ngunit sa oras na ito sa Ben 10 Omnitrix Shadow, ang mga bagay ay naging mas seryoso. Ang mga dayuhan ay pinamunuan ng isang Knight na itim na nakasuot ng sandata, inilunsad niya ang isang stream ng enerhiya kay Ben, nahawa ang tao na may madilim na enerhiya. Pagkatapos ay umalis ang mga intruder. Ang isang madilim na virus ay nanirahan sa bayani, na sa paglipas ng panahon ay gagawa siya ng isang masamang halimaw, tulad ng lahat ng mga nasa omnitrix. Upang ayusin ang sitwasyon at mapupuksa ang virus, kailangan mong hanapin ang tatlong mga villain at sirain ang mga ito. Tulungan ang character na maging kanyang sarili muli at maiwasan ang pagbabagong-anyo.
