Sa isang mahiwagang lupain nakatira ang isang maliit na masayang kamatis na nagngangalang Tomato. Isang araw, nagpasya ang aming bayani na pumunta upang bisitahin ang kanyang malalayong kamag-anak. Upang gawin ito, kakailanganin niyang tumakbo sa isang tiyak na kalsada. Ikaw sa laro Tomato Runner ay makakatulong sa kanya hanggang sa dulo ng kanyang paglalakbay. Sa daan ng ating bayani ay makikita ang mga dips sa lupa, mga hadlang at maliit na ilog. Kailangan mong mag-click sa screen upang gawin siyang tumalon at sa gayon lumipad sa mga mapanganib na mga seksyon ng kalsada. Sa daan, dapat niyang mangolekta ng iba't ibang mga bagay at barya.
