Ang ninja ay kailangang makumpleto ang isang napakahirap na misyon sa larong Pagpapatakbo ng Ninja. Ang masamang salamangkero ay nagtatakot ng takot sa buong distrito. Matapos niyang makuha ang isang napakalakas na spell, nadama ng sorcerer na parang hari ng mundo. Sa tuktok ng tower ng kanyang kastilyo, nag-install siya ng malakas na mahiwagang armas. Bumubuo ito ng masasamang maliliit na nilalang na sumisira sa lahat sa kanilang landas. Ang ninja lamang ang nagpasya na harapin ang salamangkero. Mayroon siyang kalamangan sa iba pang mga sundalo at namamalagi ito sa katotohanan na alam ng bayani kung paano makakilos nang napakabilis. Gayunpaman, mayroon din itong negatibong panig. Sa bilis na ito, mahirap tumugon sa mga hadlang. Tulungan ang character na sumugod sa paglipas ng mga hadlang.