Gumamit si Ben ng omnitriks sa loob ng mahabang panahon, ligtas na muling nakikilala sa iba't ibang nilalang mula sa iba pang mga planeta. Nakatulong ito sa kanya upang labanan ang mga umuusbong na banta mula sa kalawakan, mga dayuhan na nais na alipinin ang mga lupa. Ngunit kamakailan lamang ay nagsimulang mabigo ang orasan, ang aparato ay nakabatay sa paghahalo ng DNA, at ngayon ay nawala ang gawain nito. Marahil ito ay ilang hindi kilalang virus. Habang ang bayani ay ayusin ito, maraming oras ay pumasa, at ang kaaway ay nasa threshold, kailangan mong labanan. Kailangan mong lumipat sa manu-manong mode at matutulungan mo ang bayani sa laro ng Ben 10 Omnitrix Glitch. Upang gawin ito, pagkatapos ng paghahalo ng mga molecule, iwasto ang resulta, at pagkatapos ay pumunta sa basagin ang kaaway.
