Sa laro ng Flappy Run Online makakakuha ka sa mundo kung saan nakatira ang mga nilalang na maaaring lumipat sa hangin. Ngayon, ang kumpanya ng mga nilalang na ito ay nagpasya na pumunta sa isang paglalakbay at galugarin ang malayong sulok ng kanilang bansa. Upang mapanatili ang mga ito sa himpapawid, kakailanganin mong mag-click sa screen gamit ang mouse. Pagkatapos ay ipapakalat nila ang kanilang mga pakpak at lumipad pasulong. Sa paraan ng kanilang paggalaw ay darating sa mga haligi at iba pang mga hadlang. Dapat mong gawin ang lahat ng mga character maiwasan ang banggaan sa kanila. Kung magkapareho ang nangyayari, mawawala ka at simulan ang pagpasa ng laro muli.
