Ang isang pangkat ng mga pagong ay nakahadlang sa ilang mga malupit na plano at ang invisible na kaaway ay nagpasya na kumuha ng paghihiganti malupit sa pamamagitan ng pagkidnap sa kanilang sensei. Si Leonardo ay ang master ng katan fights, ang pinuno ng koponan na si Raphael ay may kasanayan sa mga Sayes, gumagamit si Donethello ng isang espesyal na tauhan, at mas gusto ni Michelangelo ang nunchaku.
