Ang bawat mandirigma sa order ng ninja ay dapat magkaroon ng ilang mga kasanayan sa pagpapamuok, mahusay na bilis at liksi. Samakatuwid, sila ay tren araw-araw sa pamamagitan ng pagsasanay sa kanila. Ngayon sa laro Nano Ninja ay ipapasa mo rin ang isa sa mga pagsasanay na ito. Ang iyong bayani ay kailangang tumakbo sa isang tiyak na landas mula sa panimulang punto hanggang sa tapusin na linya. Sa signal, unti-unti siyang nakakakuha ng bilis ay tatakbo pasulong. Gamit ang mga control key, kakailanganin mo upang pilitin sa kanya upang tumakbo sa paligid ng mga ito o tumalon sa bilis. Sa panahon ng pagtatalaga, kakailanganin mo ring mangolekta ng iba't ibang item.
