Sa laro Deep Down, nakarating kami sa isang kamangha-manghang mundo na naninirahan sa pamamagitan ng maliliit na berdeng nilalang. Araw-araw, ang ilan sa kanila ay naghahanap ng pagkain. Ngayon, matutulungan natin ang isang ganoong karangalan sa kanyang mga pakikipagsapalaran. Natuklasan ng aming bayani ang isang network ng underground tunnels kung saan bihirang, ngunit masarap na mga mushroom ay matatagpuan. Nagpasya siyang bumaba at kolektahin ang lahat. Bago ka makita sa screen ang mga bulwagan sa iba't ibang lugar na magiging mga bagay na ito. Kakailanganin mong kontrolin ang karakter upang dalhin siya sa bagay na ito at kolektahin ito. Para sa mga ito ay bibigyan ka ng mga puntos.