Sa laro Ninja Monster Killer ay maglakbay kami sa sinaunang bansang Hapon. Sa Middle Ages, naninirahan dito ang mga taong nagmamay-ari ng mahiwagang kapangyarihan. Ang ilan sa kanila ay gumagamit ng kanilang lakas upang makapinsala sa mga tao. Ang isang gayong salamangkero, sa pamamagitan ng salamangka at eksperimento, ay nakolekta ng isang buong aria ng mga monsters, na kinokontrol ng isang espesyal na artepakto. Isang matapang ninja ang inutusan na magnakaw ng bagay. Ngayon ay kakailanganin niyang pumasok sa kastilyo na nakatayo sa bundok at nakawin ang bagay. Ang landas ng ating bayani ay namamalagi sa mga ledge na humantong sa tuktok ng bundok. Sila ang magiging monsters. Kinokontrol mo ang bayani ay kailangang tumalon sa kanila at sumulong.
