Sa sinaunang Japan, nagkaroon ng Order of Ninja Warriors na nakipaglaban sa iba't ibang mga kaaway ng estado at monsters. Ngayon kami ay nasa laro Ninja Defender tutulungan namin ang isang digmaan upang pumasok sa templo at matupad ang gawain ng pinuno ng kanyang order. Ang aming bayani na naglalakbay sa templo ay magtagos sa kanyang mga bulwagan. Siya ay inaatake ng iba't ibang mga monsters. Ang aming karakter ay gagamit ng mga armas na halos tulad ng isang bumerang. Pag-flicking ito sa kaaway, kami ay pindutin kanya, at pagkatapos ay ang object ay lumipad pabalik. Kailangan nating ilipat ang karakter kaya pinalayas niya ito at sa gayon ay muling ginawa ang hagis. Kung wala kaming oras upang magawa ito, mawawala namin ang armas at mawala ang pag-ikot.
