Ang magiting na babae ng laro Kubo at ang dalawang mga espada ay nagpunta sa pamamagitan ng maraming mga mapanganib na mga pagsubok bago maging isang propesyonal na Ninja. Ngunit kahit na ang gawaing ito lamang ay hindi maaaring gawin sa pamamagitan ng kanya. Kailangan mong tulungan ang isang batang babae na may dalawang tabak upang escort isang magic kubo sa portal at magpakailanman itago ito mula sa mga puwersa ng kasamaan. Habang samahan mo siya sa iyo ay maaaring atake monsters, medyo uhaw sa dugo at walang awa, gamitin ang iyong mga armas at alisin ang banta ng karga. Kapag nakarating ka sa dulo, haharapin mo ang pinakamahirap na labanan na may isang makapangyarihang demonyo na mas malakas kaysa sa magiting na babae sa kalakasan, ngunit kung nagpapakita ka ng mga taktika, maaari mong mapagtagumpayan ito nang hindi nahihirapan.
