Sa sinaunang Japan, nagkaroon ng patuloy na digmaan sa pagitan ng dalawang cast ng mga mandirigma - samurai at ninja. Ikaw sa laro Ninja Runner ay labanan sa gilid ng Order ng Ninjas. Nakatanggap ang iyong character ng isang order mula sa pinuno ng pagkakasunud-sunod upang magsagawa ng pagmamanman sa kilos sa kalangitan sa isang kagubatan, kung saan ang mga samuray detachment ay maaaring itago. Ang iyong bayani ay buong tapang na lumubog sa kagubatan at tumakbo sa landas. Maraming mga panganib at traps ang naghihintay sa kanya sa kanyang paraan. Kinokontrol mo ang iyong karakter ay kailangang tumalon sa kanya at hindi mahulog sa mga traps. Kung nakatagpo ka ng mga sundalo ng kaaway, kailangan mong sirain ang lahat ng ito sa tulong ng isang tabak. Kolektahin lamang ang iba't ibang mga item na nabibilang sa kanyang landas.
