Ang mga extraterrestrial ay muling dumating sa ating planeta. Sa sandaling ikaw ay nangyari upang matugunan sa mga hindi inanyayang mga bisita sila ay nakalikha sa pagkasira na may malaking pagkalugi. Ngayon ang iba ay dumating, magaling, gusto nila ito, kaya ang Earth nagustuhan ito, na sila ay handa na para sa anumang sakripisyo lamang upang manalo ito. Sa laro Alien Attack 2 makakatagpo ka ng nakakatakot na mga nilalang, hindi sila tulad ng mga nauna, ngunit hindi mo na ginagamit, kunin ang mga armas at sirain ang mga monsters, hindi nagbibigay sa kanila ng isang pagkakataon upang manalo. Upang pigilan ang mga ito mula sa pag-uwi sa likod, kinakailangan upang makapunta sa pangunahing boss at makitungo sa kanya. Kung wala ang sentralisadong kontrol, ang hukbong alien ay mawawasak at magmadali pabalik sa kanilang tahanan.
