Traveler Shaggy sa kalsada sa sinaunang kastilyo loses kanyang tapat na kaibigan Scooby Le at nasa kawalan ng pag-asa. Ang katotohanan ay ang Scooby ay nahulog sa isang malalim na butas sa oras na siya ay nakahahalina sa may-ari. Tulungan ang mga mahihirap na tao ay maaari lamang isang mahusay na wizard, na may kakayahang magically ilipat ang biktima sa ibabaw ng lupa. Nakatagpo ng malungkot na isang mahusay na manggagaway, nakapagtungo sa tulong ng Scooby, ngunit upang lumikha ng isang matagumpay na spell, kailangan mong matandaan ang pagkakasunud-sunod ng paglipat ng parehong card. Sa Scooby-Doo! Misteryo Pagtutugma strain ang iyong pansin at subukan upang mapupuksa ang parehong card sa talahanayan ng paglalaro na pupunta sa paggawa ng spell.
