Kyoto batang mandirigma ay binubuo sa pagkakasunud-sunod ng mga ninjas na lihim hinahain ang Emperor ng Japan, at ginanap ito napaka-komplikadong at lihim na mga order. Paano ay ang aming mga bayani ay itinalaga ang misyon upang tumagos sa bahay ng isa sa mga Emperador tagapayo upang nakawin ang mga dokumento mula doon. Ang mga bahay ay matatagpuan sa isang isla na napapalibutan sa lahat ng panig sa pamamagitan ng tubig. Ang aming mga bayani ay nagpasya na gamitin para sa cape may kakayahang pinapanatili ang mga ito sa hangin. Kami ay sa iyo sa laro Flappy Ninja makatulong sa kanya sa ito. Rebounding off ang lupa, ang aming mga ninja flew sa pamamagitan ng hangin. Ano ang gusto panatilihin ito i-click lamang sa screen sa panahon ng flight. Sa paraan upang ang aming mga bayani ay darating sa kabuuan ng iba't-ibang mga obstacles na kailangan upang lumipad sa paligid sa kanya. Kung kalugdan niyang harapin ang mga ito, ang kanyang balabal at pilasin ito ay pag-crash down at mamatay. Kaya maging maingat at ikaw ay magtagumpay.
