Hakbang pabalik sa laboratoryo para sa produksyon ng mga mutagen, na itinayo ang masasamang Shredder. Ito mutants lab-nilikha, ito ay binantayan ng maramihang mga robots, pagsira sa lahat ng nagsisilapit sa mutagens. Dalhin ang isa sa mga bayani at makakuha ng loob at subukan upang mangolekta ng lahat ng mga materyal na kung saan ay lamang mahanap. Tumatakbo sa pamamagitan ng mahabang koridor at ang mga maluluwag na kuwarto, dodging shot at pagkolekta ng pizza sa lagyang muli kalusugan. Hanapin ang mga sangkap at subaybayan ang mga oras para sa kung saan kailangan mo upang matupad ang misyon.
